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まとめるならば、研修が済んでいる臨床医にとっては(初期研修で大学を選ぶか市中病院を選ぶかはここでは重要視しません)、まず大きくは大学病院の医局に身を置くか、医局から離れてインディペンデントの病院で腕を磨くか、という選択肢がありえます。
前者のメリットとしては、学位が取得しやすかったり、アカデミックな分野で成果や名声を得やすい点が挙げられます。
先端医療を学ぶことができるという点でも、まだ大学病院に分がある疾患・治療領域もあるでしょう。
よって、目的合理的キャリア形成の観点からは、自分のめざすキャリア・ゴールがいわゆる「学界」の中にあるならば、大学の医局に身を置くという選択が望ましいことになります。
雑用だらけの医局に所属する医師にとって、自分のキャリア構築に必要なタスクだけをこなし、他は切り捨てるといったような「自由」はきかないとお考えの向 きもあるかもしれませんが、やりたいことだけをやれる職場などそうそうあるものではありません(製薬会社も然り、です)。
あまり極端なことは出来ないにせよ、教育、臨床、研究の3本柱のうち、研究にプライオリティを置いて、さらにその中で自分なりにキャリア・ゴールに向けた方向付けをしていくべきでしょう。