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新型インフルエンザウイルスは肺で増えやすい。新型インフルエンザの重症例には急速に悪化する呼吸器障害を生じる例や脳症の報告も多い。入院の6割が呼吸器障害の肺炎であり多くは発症から24時間以内の短時間で入院に至っている。発熱から短時間で呼吸障害を来たし頻脈や呼吸数の増加、胸が苦しいなどを訴えて、ＳＰＯ２は９５％以下の低酸素血症を呈する。粘性痰を生じる細気管支炎、胸痛、呼吸音の減弱等の症状があり、胸部レントゲン像では浸潤像、縦隔気腫や無気肺を来たす。初期治療法として吸入気管支拡張剤、適切な酸素投与、無気肺に対する肺理学療法が奏功する。通常量の抗インフルエンザ薬、二次感染予防のための抗生物質を投与する。脳症に対しては短期間のステロイドパルス療法やγグロブリン、エダラボン、シクロスポリンの投与等も有効である。抗インフルエンザ薬の早期投与でも必ずしも重症化を防ぎきれない。熱せん妄や熱痙攣などとの鑑別も必要でありＲＳウイルスやメタニュウモウイルス感染症など冬流行する小児発熱性感染症との鑑別も問題である。
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