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ギランバレー症候群は、免疫が関与した筋力低下の急速に進行する末梢神経系疾患である。ほとんどは完全に回復するが、慢性の筋力低下を残す人もいる。インフルエンザを含む種々の感染症で引き起こされ得る。通常、ギランバレー症候群の発生頻度は、接種した人々と接種を受けなかった人との間で変わりない。インフルエンザワクチンの調査とデータ解析で、H1N1ブタインフルエンザ様ウイルスを含んだ1976年のワクチンに対してのみ明確な因果関係が認められている。しかし現行の季節性および、パンデックインフルエンザワクチンのいずれにおいても明確な因果関係は、見いだされていない。1976年の米国で経験されたインフルエンザ予防接種キャンペーンの際、100万接種あたり約10例がギランバレー症候群を発症した。なぜ、この特定のワクチンにともなってギランバレー症候群を発症したのか、明確に立証されていない。将来のワクチンに同様のリスクが発生する可能性を完全に排除することはできないが、新型インフルエンザワクチンは、確立された基準によって製造され、しかもギランバレー症候群と因果関係が認められていない、十分に研究されたインフルエンザワクチンと同様の方法で製造されている。ワクチンの発売後のサーベイランス(市販後サーベイランス)は、発生する可能性のある重篤な副反応の検出のために施行されている。安全性の監視システムは、新しいパンデミックインフルエンザワクチンの接種戦略における重要な部分の一つである。
