医療機関で出るゴミ処理に関しては感染性廃棄物マニュアル等が作られており、各医療機関で生じるゴミは感染性、非感染性また不燃物か否か等に振り分けして（分別）産業廃棄物として産廃業者に委託して処理される。産廃業者は種類によっては最終処理場にまわして医療機関との間にマニフェストを取り交わす。残りは資源ごみや一般廃棄物として回収業者や市町村の焼却処分場に持ち込む。それに要する経費は医療機関で負担するが診療報酬削減政策の中で考慮されていないので医療機関に大きな負担を生じている。特に在宅医療に伴う点滴注射針、チューブ類などの処理がいま問題になっている。在宅医療を行なう多くの医療機関は環境省の在宅医療に伴う廃棄物の処理のあり方の指針に基づいて①注射針等鋭利なものは医療機関へ持ち込み感染性廃棄物として処理、②非鋭利物は市町村が一般廃棄物として処理していると考えられる。しかし環境省のアンケートによると３１％の市町村がこれに従い処理しているが市町村側が回収していない所が７２％もある。この理由として市町村の廃棄物の種類や危険性の情報不足 感染性の分りにくさ、医療廃棄物回収への心理的抵抗 患者プライバシーへの配慮などがあり簡単には解決されそうも無い。費用の問題を含め適正処理に向けて検討する必要がある。日本医師会も対策に乗り出した。マニフェスト処理されるものは最終処分まで排出事業所の責任があり産廃事業者との契約に当たっては信頼できる業者かどうか確認する必要がある。広島での悪徳業者の不法投棄は耳新しい。被害にあったときに備える保険もある。
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