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一般にはMTXとバクタの併用は避けるべきと記載されることが多い（あるいはとても注意して併用するように）
（Kelley's Textbook of Rheumatology, 7th ed. 59章）.
Trimethoprim-sulfamethoxazole should be avoided, or used with extreme caution, because of possible hematologic toxicity with MTX.
[Thomas MH, Gutterman LA: Methotrexate toxicity in a patient receiving trimethoprim-sulfamethoxazole. J Rheumatol 1986; 13:440]
Mechanisms for this toxicity include：
① an additive antifolate effect from trimethoprim
② decreased MTX clearance due to inhibition of tubular secretion by sulfamethoxazole,
③ altered MTX plasma protein binding.
一方、メイヨーのThomas CFとLimper AHはメトトレキサート服用患者のカリニ肺炎の予防にST合剤（sulfamethoxazole-trimethoprim）を用いることは禁忌であるという考えは古いかもしれないとNEJM June 10、2487-3498, 2004に記載している(p2489)。
引用文献はLangford CAらのAm J Med 2003; 114:463-9である。この論文で、Langford CAらは週25mgのMTX投与患者（42 patients with active Wegener's granulomatosis：Use of a cyclophosphamide-induction methotrexate-maintenance regimen for the treatment of Wegener's granulomatosis: extended follow-up and rate of relapse）にST合剤予防投与を行ったが、重篤な血液障害は認められなかった（ただし、副作用対策として、葉酸は1mg/日で連日投与またはthe day after receiving MTXにロイコボリンを投与し、血算と肝機能検査は注意深くフォローされていた）
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